Historia ćwiczeń pilates jest dosyć niezwykła. Sama nazwa pochodzi od nazwiska twórcy – Josepha Humbertusa Pilatesa, który postawił sobie za cel skonstruować system ćwiczeń rozciągających i wzmacniających wszystkie mięśnie ciała. A cel ten wynikał z osobistej konieczności, bowiem Joseph Pilates był bardzo chorowitym dzieckiem i cierpiał m.in. na astmę i krzywicę. Pomimo tych ograniczeń, Pilates uprawiał wiele sportów, np. narciarstwo, a miłość do aktywności fizycznej sprawiła, że stał się bokserem, instruktorem samoobrony trenującym policjantów Scotland Yard`u oraz artystą cyrkowym. Z chorowitego dziecka przeobraził się w wysportowanego młodzieńca i był modelem do rysunków anatomicznych.
Joseph Pilates wierzył, że system ćwiczeń może nie tylko wpłynąć na zdrowie, ale również kształcić ludzki charakter. W założeniu jego metoda miała pomagać w nauce osiągania życiowych celów. Pilates jako system ćwiczeń został natomiast oparty na elementach gimnastyki, jogi oraz baletu, a wykształcił się w bardzo niesprzyjających okolicznościach, bo w czasie internowania jego twórcy podczas I wojny światowej.
Ogromny sukces metody Pilatesa można przypisać m.in. faktowi, że wszystkie osoby, które ćwiczyły z nim podczas epidemii grypy w Anglii w 1918 roku – przeżyły. Najpierw na metodę Pilatesa uwagę zwrócili tancerze, ale bardzo szybko stała się ona popularna także wśród lekarzy, którzy polecali ją swym pacjentom. Dzisiaj z ćwiczeń pilatesu korzystają ludzie na całym świecie, a wielu kręgarzy i fizjoterapeutów traktuje tę metodę jako część rehabilitacji.